En el año 1984, el Excmo. Ayuntamiento de Donostia-San Sebastián, proyectó la creación de una Banda Sinfónica de carácter profesional. El Conservatorio Superior sugirió aprovechar el presupuesto asignado para esta agrupación, en la creación de una Banda y Orquesta Sinfónica e integrar la Banda de Txistularis Municipal en un Organismo Autónomo. Tanto la Banda, como la Orquesta Sinfónica estarían compuestas por alumnos becarios y profesionales que, a su vez, y a media jornada, impartirían clases en los barrios de la ciudad.Como consecuencia de la aprobación de la Ley Orgánica del Sistema Educativo (LOGSE), y de su posterior desarrollo legislativo y aplicación, el Excmo. Ayuntamiento de Donostia-San Sebastián tramita el traspaso del “Conservatorio Superior” al Gobierno Vasco, transformándose en el actual Conservatorio Profesional “Francisco Escudero”.La Escuela Municipal de Música y Danza de Donostia-San Sebastián se crea oficialmente por acuerdo plenario de 20 de diciembre de 1995 del Excmo. Ayuntamiento, como consecuencia de la separación de la enseñanza musical reglada, que pasará al Gobierno Vasco y de la no reglada que será asumida por el Excmo. Ayuntamiento, a excepción de la enseñanza reglada de Ballet anterior a la LOGSE (Plan 66), que será asumida por la Escuela hasta su desaparición.
Si bien en 1995 es creada oficialmente, es la legítima heredera de la enseñanza musical municipal en Donostia, de la cual existe constancia documentada desde el siglo XIX y por la que han estudiado músicos tan ilustres como, Sorozabal, Escudero, Usandizaga, Santesteban, Garbizu, etc. en Septiembre de 2002, comenzó una nueva etapa, con las actuales locales e instalaciones de Atotxa en la Plaza Hirutxulo con un total de 3.400 m2.